W międzyczasie, w odległym świecie król Mickey znika niespodziewanie, pozostawiając magowi Donaldowi i rycerzowi Goofy`emu rozkaz odnalezienia posiadacza przedmiotu Keyblade i ocalenia świata przed zagładą.
Rozgrywka Główną cechą Kingdom Hearts, odróżniającą ją od serii Final Fantasy, jest bezpośrednie działanie postaci sterowanej przez gracza podczas walki, w przeciwieństwie do wspomnianej serii, gdzie użyty był system Active Time Battle, pozwalający jedynie na kontrolę stanu i charakterystyk bohaterów oraz wydawanie im poleceń. Pełną kontrolę gracz ma jedynie nad Sorą, który może atakować, używać przedmiotów czy magii w dowolnym momencie. Donald i Goofy sterowani są przez sztuczną inteligencję.
Urozmaiceniem rozgrywki jest również poruszanie się pomiędzy światami będące właściwie minigrą, przypominającą starsze gry typu Space Invaders, jednakże w odnowionej wersji i z zastosowaniem grafiki trójwymiarowej. Pojazd, w którym przychodzi bohaterom podróżować (Gummi ship), może być stale rozwijany poprzez modyfikacje, np. mocniejszy pancerz czy dodatkowe działka.