Zatoka Gdańska należy do obszaru morskich wód osłoniętych. To przedsionek Bałtyku, akwen bardzo bezpieczny, z dużą liczbą portów, do których wejścia są łatwe, dostępne także dla jachtów morskich.
Kiedy w holocenie nastąpiło ocieplenie klimatu, Zatoka Gdańska sięgała jeszcze dalej w kierunku południowym. Intensywne narastanie nanosu rzecznego spowodowało utworzenie się równiny w delcie uchodzącej rzeki i w efekcie powstanie krainy geograficznej pod nazwą Żuławy Wiślane, współcześnie dzielonej na trzy części: Żuławy Gdańskie, Żuławy Malborskie i Żuławy Elbląskie. W wyniku działania prądu morskiego, płynącego na wschód, utworzyła się Mierzeja Helska.
Na zachód od Zatoki Gdańskiej zlokalizowane jest Pobrzeże Kaszubskie, które ciągnie się szerokim pasem od Władysławowa do Gdańska. Temperatura wody wynosi od 2 °C zimą, do około 18 °C latem; ten górny pułap często jest przekraczany.
Wody Zatoki Gdańskiej są lepiej zasilane wodami rzecznymi, niż Zalew Szczeciński. Jeszcze niedawno zagrożone były możliwością dużego zanieczyszczenia skażeniami, niesionymi przez wody Wisły oraz przez odpady przemysłowe ze stoczni w Gdańsku i Gdyni. Stan wód w Zatoce Gdańskiej nie ulega poprawie z powodu napływu ciągle zanieczyszczonych wód Wisły.