Jeśli zajdą sprzyjające warunki chwilowego upośledzenia odporności (stres, ciąża, odsadzenie, leczenie innego schorzenia glikokortykosterydami, współistniejące zakażenie wirusem białaczki kotów lub wirusem niedoboru immunologicznego) dochodzi do szybkiego namnożenia wirusa w makrofagach i przedostania się wirusa do krwi, gdzie ponownie ulega intensywnej replikacji doprowadzając do wiremii. Następnie zostaje z prądem krwi przeniesiony do innych organów (zwłaszcza bogatych w makrofagi tj. wątroba, śledziona, węzły chłonne) i dochodzi do zakażenia uogólnionego. W zależności od stanu immunologicznego organizmu choroba może się różnie rozwijać.
Przy średnim poziomie odporności choroba rozwija się powoli, doprowadzając do powstania ropnych ziarniniaków zapalnych w różnych narządach (postać bezwysiękowa FIP). Przy niskim poziomie odporności rozwija się wysiękowa postać FIP. Do jej powstania przyczynia się powstawanie kompleksów immunologicznych powstałych w czasie odpowiedzi immunologicznej na obecność wirusa we krwi. Doprowadzają one do niszczenia śródbłonka naczyń kapilarnych w nerkach, wątrobie i mózgu.