Do 1519 miasto było stolicą tzw. „baronatu koziegłowskiego” będącego w posiadaniu rodu Lisów (klucz koziegłowski). W 1519 r. rycerz Krystyn IV herbu Lis sprzedał miasto z zamkiem i okolicznymi dobrami biskupowi krakowskiemu – księciu siewierskiemu Janowi Konarskiemu i od tego czasu miasto i zamek wchodziły w skład dóbr książęcych w Księstwie siewierskim, w ramach którego funkcjonowało do XVIII w. W 1790 r. Księstwo Siewierskie zostało formalnie wcielone do Rzeczypospolitej. 27 kwietnia 1792 r. król Stanisław August Poniatowski wydał przywilej dla miasta potwierdzający wcześniejsze przywileje biskupów krakowskich.
W 1747 biskup Jędrzej Załuski zabronił mieszkać w mieście żydom w wyniku czego do 1880 nie zanotowano w nim ani jednego wyznawcy judaizmu.
Zabory W 1795 r. Koziegłowy znalazły się w zaborze pruskim. Po zwycięskim dla Polaków drugim powstaniu wielkopolskim jakie odbyło się w 1806 miejscowość w latach 1807–1815 znalazła się w granicach Księstwa Warszawskiego. W tym okresie miasto wystawiło oddział gwardii narodowej, który pod rozkazami Henryka Dąbrowskiego bił się w czasie wojen napoleońskich.