Częściowo dzięki wpływom swojego ojca, który napisał w tej sprawie list do prezydenta Johna Tylera, w 1842 młody George został przyjęty do Akademii Wojskowej Stanów Zjednoczonych, mimo że nie spełniał kryterium minimalnego wieku 16 lat wymaganego przez uczelnięSears, Young Napoleon, s. 3.. George ukończył studia w West Point w 1846, jako drugi najlepszy student w klasie 59 kadetów. Po studiach awansem tymczasowo uzyskał stopień podporucznika w Korpusie Inżynierskim Armii Stanów ZjednoczonychEicher, s. 371..
Wojna meksykańska Początkowo McClellan został przydzielony do kompanii inżynierskiej utworzonej w West Point, lecz wkrótce zgodnie z rozkazami udał się na wojnę amerykańsko-meksykańską. W październiku 1846, gotowy do walki, zaopatrzony w dubeltówkę, dwa pistolety, szablę, miecz galowy oraz nóż, przybył do ujścia rzeki Rio Grande. Skarżył się potem, że było to zbyt późno, aby mógł mieć swój udział we wrześniowym zwycięstwie w bitwie pod Monterrey. Podczas zawieszenia broni, gdy siły dowodzone przez generała Zachary’ego Taylora oczekiwały na wznowienie walk, McClellan zachorował na czerwonkę i malarię, przez co niemal miesiąc spędził w szpitalu. Nawroty malarii przydarzały się mu również w latach późniejszych, stąd nazywał je swoją „chorobą meksykańską”Mexican disease, Sears, Young Napoleon, s. 14–15..