Wojny Mandaloriańskie – Mandalorianie uderzyli na Republikę i zmusili jej flotę i armię do odwrotu. Sytuacja się radykalnie zmieniła, gdy Jedi Revan zmotywował, wbrew woli Rady, wielu Jedi do walki za republikę. Mandalorianie nie mogąc sprostać jego geniuszowi taktycznemu i umiejętnościom, zostali pokonani na Malachorze V. Misji ich odrodzenia poświęcił się Canderous z klanu Ordo. Canderous mianował się nowym Mandalorem i poprowadził swoich ludzi do walki z Sithami, by pomóc Wygnanej Jedi.
2000- 1000 BBY – Mandalorianie wzięli czynny udział w Wojnie Armii Światła z Bractwem Ciemności.
Superkomandosi – Mandalorianie stali się organizacją najemniczą. Dzięki Mereelowi (ówczesnemu Mandalorowi), który stworzył kodeks Superkomandosów, nie zatracili honoru i zasad.
Wojna Domowa – walka między Mandalorianami (Mereel) a Watahą Śmierci (Vizsla) o władzę i podejście do tradycji. Wataha została zniszczona, a z Protektorów ocalał tylko Jango Fett, Silas i kilku innych wojowników.
Protektorzy – organizacja Mandalorian odtworzona przez Jango Fetta – Alpha-02. Słynnym Mandalorem tego okresu był Boba Fett.