Nowo zaślubiona para żyła w Belwederze, z dala od wiedeńskiego zgiełku. Franciszek Józef zmusił swego bratanka – w trakcie przykrej ceremonii – do złożenia przysięgi: ani żona, ani żadne z trojga dzieci nie będzie nigdy rościć sobie praw do austro-węgierskiego tronu. Cesarz w pewien sposób szykanował Zofię: nie mogła siadać w dworskiej loży w teatrach ani korzystać z powozów należących do dworu, nie wolno jej było zajmować miejsca obok męża w oficjalnym orszaku, musiała iść z tyłu, za rodziną.
Aby mogła bywać na dworze wiedeńskim, Franciszek Józef nadał jej tytuł księżnej Hohenberg. Zofia jednak niezmiernie rzadko pojawiała się w Schönbrunn i Hofburgu, natomiast bardzo chętnie wybierała się z mężem na manewry i oficjalne podróże, jak choćby do Sarajewa, podczas których nie przestrzegano rygorystycznie dworskiej etykiety. Również cesarz niemiecki Wilhelm II, mając na celu związanie na stałe Austro-Węgier z Rzeszą i chcąc pozyskać sobie Franciszka Ferdynanda jako sojusznika, nakazał, aby w czasie wizyt arcyksięcia w Niemczech traktować jego małżonkę jako pełnoprawnego członka rodziny panującej.