Button został w międzyczasie przyblokowany przez jednego z dublowanych kierowców, ale i tak nie miał prawdopodobnie szans na odzyskanie drugiego miejsca.
Na czwartej i piątej pozycji utrzymali się Montoya i Heidfeld, natomiast na szóstą pozycję awansował Massa po drugim postoju swojego partnera z zespołu Ferrari, Michaela Schumachera. Na ostatniej pozycji punktowanej jazdę kontynuował Villeneuve, mając za swoimi plecami kierowców Toyoty, Ralfa Schumachera i Trullego, którzy zamienili się miejscami podczas ostatniej rundy postojów. Na pozostałych miejscach jechali Barrichello, Albers, Liuzzi, Monteiro i Sato (Japończyk został w końcu pokonany także i przez drugiego kierowcę Midland). Jazdy nie kontynuował już tymczasem Speed, którego pod koniec 42 okrążenia z walki wyeliminowała awaria dźwigni sprzęgła przy kierownicy.
Na 49 okrążeniu w bolidzie jadącego na piątej pozycji Heidfelda nastąpiła awaria silnika i kierowca zespołu BMW Sauber odpadł z wyścigu. Na pozycje od piątej do ósmej awansowali w tym momencie Massa, Michael Schumacher, Villeneuve i Ralf Schumacher. Ostatnim zdarzeniem w tegorocznej Grand Prix Malezji był na 51 okrążeniu udany atak Liuzziego na 11 pozycję zajmowaną przez Albersa.