W 1999 bank współtworzył powszechne towarzystwo emerytalne Commercial Union OFE BPH CU WBK. W tym samym roku odbyła się także druga faza prywatyzacji banku. Większościowy pakiet akcji zakupił Bayerische Hypo- und Vereinsbank. W procesie prywatyzacji BPH zakupił również 100% akcji dwóch pozostałych banków należących do niemieckiego właściciela i działających w Polsce: HypoVereinsbank Polska S.A. i HYPO-BANK S.A., banku nieprowadzącego wówczas działalności operacyjnej. HypoVereinsbank Polska S.A. został wchłonięty przez BPH, a HYPO-BANK przekształcony w 2000 w specjalistyczny bank hipoteczny HypoVereinsbank Bank Hipoteczny, który w tym samym roku przeprowadził pierwszą w historii niematerialną emisję listów zastawnych w Polsce. Po zakończeniu procesu prywatyzacji nastąpiła trzecia w historii banku zmiana prezesa zarządu, które objął Józef Wancer.
W latach 90. XX wieku bank był inwestorem w wielu spółkach spoza branży finansowej, np. stacji radiowej RMF FM, terminalu przeładunkowym w Małaszewiczach, spółkach budowlanych Hydrobudowa i Polnord.