Do przeprowadzenia podziału Banku BPH i przyłączenia jego wydzielonej większej części do Pekao niezbędna była zmiana w polskim prawie bankowym, co stało się 19 października 2006.

3 października 2007 Komisja Nadzoru Bankowego wyraziła zgodę na podział BPH i przyłączenie jego wydzielonej części do Pekao. Tym samym 30 listopada mogło dojść do planowanej fuzji. W jej wyniku wszyscy klienci korporacyjni BPH stali się klientami nowego Banku Pekao SA. Przeniesienie oddziałów z banku BPH do Pekao w 2007 roku wiązało się z koniecznością dokonania istotnych zmian w systemie informatycznym. W tym czasie zmieniona została numeracja rachunków prowadzonych w oddziałach, które weszły do Pekao. Od 2009 roku centrala banku znajduje się w Lipowy Office Park w Warszawie, gdzie zebrano wszystkie jednostki, dotychczas mieszczące się w różnych lokalizacjach.mały|Placówka banku przy ulicy Żubra 1 w Warszawie (2023)W listopadzie 2009 roku, po ponad 6 latach pracy, Jan Krzysztof Bielecki złożył rezygnację ze stanowiska prezesa zarządu oraz ze wszystkich zajmowanych stanowisk w Grupie UniCredit i jej spółkach zależnych. Zakończył urzędowanie w styczniu 2010.