Aby uniemożliwić fuzję prywatnych banków, nadzór bankowy musi mieć mocne dowody na to, że takie działanie może doprowadzić do złamania prawa. Jego działanie przypomina proces przed sądem. Każdy członek komisji musi zachować bezstronność oraz działać w sposób niezawisły od organów państwa, które wysunęły go do tej roli.
Wiosną w prasie pojawiły się doniesienia, że Cezary Mech, Wiceminister Finansów, jest przeciwny połączeniu BPH oraz Pekao. Żadna z domniemanych wypowiedzi, nie był autoryzowana. Z drugiej strony Mech ich nie zdementował. 9 marca zebrała się Komisja Nadzoru Bankowego, aby rozpatrzyć wniosek UniCredit o zgodę na realizację prawa głosu z większościowego pakietu akcji w BPH. Leszek Balcerowicz jako przewodniczący komisji wykluczył Mecha, Wiceministra Finansów, z posiedzenia na wniosek UniCredit, bo doszedł do wniosku, że przedstawiciel Rady Ministrów nie jest bezstronny. Komisja Nadzoru Bankowego uznała, że Ministerstwo Skarbu Państwa nie jest stroną w sporze i odmówiła udziału w postępowaniu jego przedstawicielom„Balcerowicz wykluczył Mecha, by chronić bezstronność KNB”, 8 marca 2006, wp.pl..