„Arkan” i jego ludzie powiązani byli z masakrą w szpitalu w Vukovarze. Wielu pacjentów, głównie żołnierzy chorwackich zostało wówczas rozstrzelanych. Szacuje się, że w wyniku tych działań śmierć poniosło około tysiąca osób. Podczas wojny w Bośni i Hercegowinie (1991–1995) ludzie „Arkana” podejrzewani byli o dopuszczanie się brutalnych czystek etnicznych. Organizacja została oficjalnie rozwiązana w 1996 roku, a część jej członków wstąpiła w szeregi armii jugosłowiańskiej i walczyła do 1998 roku na terenie Kosowa.

Lata powojenne Željko Ražnatović został w 1997 roku oskarżony przez Międzynarodowy Trybunał Sprawiedliwości w Hadze jako winny zbrodni przeciwko ludzkości, łamania zasad konwencji genewskiej oraz dokonania czystek etnicznych w miastach Bijeljina oraz Zvornik. Oddziały Tygrysów Arkana zostały także oskarżone o czystki etniczne w miejscowości Sanski Most, w których zabito 70 bośniackich cywilów.

Był także założycielem popieranej przez Slobodana Miloševicia Partii Jedności Serbskiej (serb. Stranka Srpskog Jedinstva).