Po kampanii wrześniowej w 1939 roku Krościenko znalazło się pod okupacją sowiecką. Rozpoczęły się wywózki ludności na Syberię. W 1941 roku po ataku Niemiec na ZSRR miejscowość znalazła się pod okupacją niemiecką. Ludność żydowska została przetransportowano do obozów i wymordowana.
W latach 1943-1944 nacjonaliści ukraińscy z OUN-UPA zamordowali tutaj 13 Polaków.
Krościenko zostało znacznie zniszczone w czasie II wojny światowej. 10 sierpnia 1944 zostało zajęte przez wojska radzieckie.
Miejscowość początkowo znajdowała się w granicach ZSRR, a po regulacji granic w 1951 – w Polsce. Polscy mieszkańcy Krościenka zostali wysiedleni w 1945 roku, którzy częściowo powrócili do miejscowości po ponownym przyłączeniu do Polski w 1951 roku. Na miejscu wysiedlonych Polaków w 1945 osiedli Ukraińcy, którzy z kolei zostali wysiedleni w 1951 roku, a w zamian powrócili Polacy. W 1952 została zasiedlona przez greckich uchodźców politycznych, którzy przybyli ze Zgorzelca. Pamiątkami po nich są grecki cmentarz oraz pomnik Nikosa Belojannisa. Część potomków greckich osadników do dziś żyje we wsi. Ponadto po 1951, oprócz powracających do wsi Polaków, osiedlili się także nowi, niezwiązani wcześniej z Krościenkiem Polacy.