W roku 1588 przybył do Moskwy patriarcha Konstantynopola Jeremiasz II w celu poszukiwania pomocy i funduszy u najsilniejszego z prawosławnych władców. Godunow od razu rozpoczął starania, by w zamian za pomoc podniesiono metropolię moskiewską do rangi patriarchatu. Zwołany pospiesznie sobór wybrał Hioba na patriarchę „Moskwy i wszej Rusi”. Intronizacja odbyła się w obecności Jeremiasza II i cara Fiodora w soborze Uspieńskim 26 stycznia 1589.
Jakkolwiek Godunow okazał się zręcznym politykiem, to jednak sytuacja Rosji była w tym czasie katastrofalna. Kraj był wyczerpany po przegranej wojnie z Polską (wojna polsko-rosyjska 1577–1582) i krwawej polityce cara Iwana (opricznina). Ostatnie dwudziestolecie XVI wieku było bardzo ciężkie dla gospodarki państwa rosyjskiego. Chłopi buntowali się z powodu zwiększenia ucisku pańszczyźnianego i ograniczenia ich wolności przez poprzedniego cara. Godunow chciał ulżyć doli chłopów, nie mógł jednak wystąpić przeciw bojarom, na których opierało się carskie samodzierżawie. Kryzys społeczny widoczny wyraźnie za panowania Fiodora I miał się po jego śmierci przerodzić w głęboki kryzys polityczny, zwany Wielką Smutą.