W latach 90. XX wieku Słupsk zaczął powoli tracić na znaczeniu jako węzeł kolejowy. W 1997 likwidacji uległy Zakłady Naprawcze Taboru Kolejowego, a w 1999 rozwiązano Zakład Przewozów Pasażerskich. Wtedy stacja i wagonownia Słupsk zostały podporządkowane Pomorskiemu Zakładowi Przewozów Regionalnych. Po 2000 lokomotywownia została przejęta przez Zakład Taboru w Gdyni, co de facto oznaczało jej likwidację. Od 2008 działają jedynie warsztaty naprawcze wagonów przy ul. Grunwaldzkiej. W 2009 podjęto próbę likwidacji kluczowych połączeń dalekobieżnych, łączących miasto m.in. z Warszawą i Poznaniem, została ona jednak wycofana wskutek protestu mieszkańców.
Od 2007 do Słupska dojeżdżały pociągi trójmiejskiej SKM, które na trasie Trójmiasto-Słupsk zastąpiły Przewozy Regionalne do 2017 roku. Od 2015 roku w sezonie letnim przez stacje kursuje pociąg "Słoneczny" spółki Koleje Mazowieckie jadący z Warszawy do Ustki.
15 kwietnia 2024 roku rozpoczęto rozbiórkę starego budynku dworca w celu przygotowania terenu pod budowę nowego obiektu dworcowego. Planowany termin oddania nowego gmachu do użytku przewidziano na 2026 rok.
Równolegle, w ramach realizacji budowy drugiego toru na linii kolejowej nr 202, rozpoczęto prace związane z przebudową układu torowego stacji.