Kościół św. Anny w Wilnie − kościół usytuowany w stolicy Litwy (Wilnie), przy ulicy Maironio (dawniej św. Anny) 8, tuż przy brzegu rzeki Wilejki. Wybudowany w stylu późnego gotyku gdańskiego.
Powstał na przełomie XV i XVI wieku, z fundacji wielkiego księcia litewskiego i późniejszego króla polskiego Aleksandra Jagiellończyka, jako kaplica św. Anny przy znajdującym się na tyłach zespole klasztornym bernardynów. Architektem był najpewniej budowniczy miejski z Gdańska, Michał Enkinger, przysłany tu przez radę miejską Gdańska na prośbę króla. Po pożarze w roku 1563 odbudowano zwalone sklepienia, a w 1581 roku świątynia została wyświęcona w obecności biskupa krakowskiego i wileńskiego Jerzego Radziwiłła i późniejszego arcybiskupa lwowskiego Jana Solikowskiego. W 1747 roku Jan Krzysztof Glaubitz wzniósł w kościele trzy nowe ołtarze. Świątynia remontowana była jeszcze kilkakrotnie; gruntownie w latach 1900-1904 (po kolejnym pożarze) pod kierunkiem Józefa Piusa Dziekońskiego i Sławomira Odrzywolskiego.
Według opowiadań, Napoleonowi podczas wyprawy na Moskwę tak się spodobał kościół św. Anny, że z chęcią przeniósłby go do Paryża. W 1812 roku na kilka lat kościół zamieniono na magazyn wojskowy.