W trzy lata później wstąpił do Towarzystwa Jezusowego w Pradze, skąd skierowano go do nowicjatu w Brnie. Tam rozpoczął studia filozoficzne i teologiczne; studiował również w Pradze. Po czterech latach objął stanowisko dziekana fakultetu filozoficznego. W latach 1626–1627 był profesorem kolegium jezuickiego w Nysie, a pomiędzy rokiem 1628 a 1629, rektorem kolegium jezuickiego w Brnie. Efektem pracy naukowej było uzyskanie doktoratu z filozofii (14 listopada 1622) oraz teologii (1635) na Uniwersytecie Karola w Pradze.
W trakcie studiów, w 1620 roku, Marcin Strzoda otrzymał święcenia kapłańskie. W roku 1633 został wybrany prokuratorem zakonu, a w 1638 – prowincjałem. Stanowisko to udało mu się objąć ponownie w 1648 roku. W 1645 roku, będąc prefektem prowincji czeskiej, odegrał podobną rolę podczas oblężenia Brna przez wojska protestanckie, jak później przeor Augustyn Kordecki na Jasnej Górze, zagrzewając skutecznie obrońców do walki.
Zmarł w nocy z 25 na 26 sierpnia 1649 roku w Brnie. Jego doczesne szczątki są złożone w przeszklonej trumnie w krypcie jezuickiego kościoła Wniebowzięcia NMP.