Grzebanie umarłych lub kremacja w obrębie samego Rzymu były zabronione na mocy XII TablicMichael Grant, Miasta Wezuwiusza – Pompeje i Herculanum, PIW, Warszawa 1986, s. 57.. Pierwsze podziemne cmentarze powstały w Rzymie w okresie od I w. do IV w. Na początku IV wieku w roku 313 wraz z Edyktem mediolańskim skończyły się prześladowania chrześcijan i przestano chować zmarłych w podziemiach. Nie ma przekonujących podstaw, aby twierdzić, że katakumby były miejscem zebrań i schronienia dla pierwszych chrześcijan. Zawsze miały charakter cmentarnyU źródeł chrześcijaństwa, Franciszek Stopniak, Novum, Warszawa 1982, s. 61.. Podziemne korytarze i komory istniały, zanim zaczęto chować w nich zmarłych.
Zmarłych chowano w niszach grobowych wzdłuż korytarzy lub w większych komorach, przerobionych na kaplice. Ściany zdobiono freskami, stiukami, marmurem – symbolami związanymi z religią chrześcijańską (ryby, winogrona, ptaki). W V wieku katakumby stały się miejscem modlitw i oddawania czci męczennikom. Od VII wieku (za czasów papieża Honoriusza I) rozpoczęto przenosić relikwie do kościołów. Proces ten w połączeniu z grabieżami przyczynił się do licznych zniszczeń.