Członkami komisji byliStanisław Bodniak, Komisja morska Zygmunta Augusta, Rocznik Gdański, R. 4-5, 1930-1931, s. 8, 21, 24: Kasper Geschkau - sekretarz królewski, od 1569 r. opat oliwski Krzysztof Konarski - starosta jurborski Andrzej Swarożyński - dworzanin królewski Stefan i Jan Loitz młodszy - zamożni kupcy i bankierzy królewscy Walenty Uberfeldt - sekretarz królewski, od 1569 r. starosta parnawski.
Komisja nie miała nazwy urzędowej. W źródłach występowała jako Commissio Maritima, komisja do spraw kaprów albo komisja do spraw morskich. Obrady miały się odbywać w domu królewskim w Gdańsku, chociaż w chwili ustanowienia komisji monarcha nie dysponował jeszcze taką siedzibą, dopiero w 1570 roku Zygmunt August zgodził się uznać Zieloną Bramę za gdańską siedzibę królewskąZofia Maciakowska, Gdańsk około 1600 roku, w: Prusy Królewskie w drugiej połowie XVI wieku. Suplement, red. T. Panecki i M. Słoń, Warszawa 2021, s. 82. Komisarze często zbierali się w Malborku a także Laskach na Żuławach, Lipnie (Lipinkach) i w Maćkach w pobliżu Gdańska. Sekretarzem komisji był Faustyn Wildt (Wilde)..
Kompetencje i finansowanie