W krótkim okresie administracji litewskiej w Wilnie, zastępca redaktora naczelnego „Gazety Codziennej”, której wydawcą był Józef Mackiewicz. W czasie drugiej okupacji sowieckiej Wilna (15 czerwca 1940 – 24 czerwca 1941) związał się z kolaboracyjnym pismem „Prawda Wileńska” (1940–1941)Sergiusz Piasecki – „Były poputczik Miłosz”, Wiadomości 1951, nr 44.. Został kierownikiem działu kulturalnego w „Prawdzie Wileńskiej”. Było to pismo codzienne wydawane przez okupantów przeznaczone do indoktrynacji Polaków. Drukował tam wiersze chwalące ustrój bolszewicki („Do ojczyzny trudnego dzieciństwa wkroczy z Czerwoną Armią najpiękniejsza wolność…”). Sowietów „witał na ziemi wyzwolonej z jarzma w gwiazdorze Republiki Rad”.

W 1942 roku w wydawnictwie kolaborującym z Niemcami ukazała się książka w której napiętnowano Bujnickiego jako współpracującego z komunistami. W grudniu 1942 roku, po 18 miesiącach od ucieczki Sowietów z Wilna, został skazany na karę śmierci przez Trybunał Armii Krajowej – Wojskowy Sąd Specjalny RP – „za współpracę ze Związkiem Sowieckim na szkodę Polski”. Do wykonania wyroku jednak nie doszło, ponieważ Bujnicki ukrywał się w majątku swojej żony w Poniewieżu na Żmudzi.