Został ekskomunikowany i wygnany przez synod w Teltdown (informacji tych nie potwierdzają Beda Czcigodny ani Adamnan).
Prawdopodobnie w 563 roku opuścił Irlandię wraz z 12 towarzyszami (był wśród nich św. Otteran) i założył opactwo Hy (obecnie znane pod nazwą Opactwo Iona) na wyspie Iona, skąd prowadził misje w Nortumbrii. Odwiedził króla Piktów, Brudę. Żywoty Kolumby podają wiele opowieści o nawróceniach Piktów i cudach, jakich w ich trakcie dokonał opat. Są także pierwszym źródłem informacji o potworze z Loch Ness. Według jednego z podań ok. 565 Kolumba napotkał grupę Piktów, którzy grzebali człowieka zabitego przez potwora i wskrzesił zmarłego. Według innej wersji tej historii miał on uratować zaatakowanego człowieka, odstraszając potwora znakiem krzyża. Także znakiem krzyża Kolumba miał otworzyć sobie bramy zamku króla Bruda.
Założył w sumie około 53 klasztorów i kościołów na terenie Szkocji i północnej Anglii, związanych federacyjnie z Ioną (dla porównania w Irlandii Kolumba założył 37 klasztorów).