Brakuje tu tylko szczątków: Filipa I, pochowanego w opactwie Fleury; Ludwika XI, pochowanego w bazylice w Cléry; Karola X, który abdykował i w chwili śmierci nie był królem Francji, pochowanego na wygnaniu; Ludwika Filipa I, z bocznej linii Burbonów i pochowanego w rodzinnej kaplicy w Dreux. W 1793 roku, podczas rewolucji, bazylika padła łupem tłumu. We wrześniu kościół obrabowano i zdewastowano, a w dniach 12–25 października, na polecenie parlamentu rewolucyjnego, zbezczeszczono groby królewskie. Rozkopano krypty, otwarto trumny ze zwłokami monarchów francuskich, po czym wszystkie odkryte szczątki wrzucono do dwóch rowów wykopanych nieopodal bazyliki. Doły zalano wapnem gaszonym i zasypano ziemią. Archeolog Alexandre Lenoir ocalił większość rzeźb, przenosząc je do muzeum. Pozostałe zostały rozbite, po czym usypano z nich w Paryżu kopiec ku czci bohaterów rewolucji: Marata i Pelletiera de Saint-Fargeau. Kościół został ponownie otwarty z polecenia Napoleona Bonaparte w 1806.