Biskup Uważając Dunina za lojalnego wobec króla pruskiego, władze niemieckie zgodziły się w marcu 1830, aby objął trony arcybiskupie w Poznaniu i w Gnieźnie. Ingres odbył się w 1830. Dowodem tej lojalności miało być wydanie przez Dunina, na polecenie nadprezydenta Edwarda Flottwella, listu pasterskiego potępiającego powstanie listopadowe. Z drugiej strony jednak Dunin wyjednał u władz pruskich odstępstwo od ustawy z 1830, która nakazywała kierowanie całej korespondencji do władz w języku niemieckim, zwalniając z tego obowiązku kapłanów o niedostatecznej znajomości tego języka.
Marcin Dunin przyjął sakrę biskupią 10 lipca 1831 w katedrze gnieźnieńskiej z rąk swojego biskupa pomocniczego Marcina Siemieńskiego. Współkonsekratorami podczas tej uroczystości byli jedynie kanonicy, gdyż odmówiono w niej udziału biskupom niemieckim, a biskupi z Królestwa Polskiego nie mogli na nią przybyć z powodu powstania listopadowego.