1939–1959 1 września 1939 roku Niemcy hitlerowskie dokonały agresji na Polskę. W pierwszych dniach wojny zniszczono wiele obiektów sieci transportowej, w tym konińską stację kolejową – nalot kilku Ju 87 Stuka zniszczył torowiska, wschodnie skrzydło budynku dworca, a także spowodował śmierć kilkunastu cywili i pracowników kolei. Kolej regionu konińskiego została włączona w struktury Deutsche Reichsbahn. Jeszcze przed końcem roku przywrócono przejezdność na osi wschód-zachód, a w lipcu 1940 zakończono naprawę dworca kolejowego w Koninie. W związku ze strategicznym przebiegiem linii Poznań – Kutno, od czerwca 1941 roku rozpoczęto rozbudowę i modernizację linii. W ciągu roku, na 179-kilometrowym odcinku powstał drugi tor szlakowy, nowoczesne nastawnie, urządzenia sterowania ruchem, parowozownie i wagonownie. 20 stycznia 1945 roku do Konina wkroczyła Armia Czerwona. Po wyzwoleniu, w lutym 1945 na stacji zmieniono rozstaw szyn z 1435 na 1524 mm dla celów radzieckich transportów wojskowych. Podczas ostatnich dni wojny przez Konin przejeżdżało do 24 par radzieckich wojskowych pociągów z zaopatrzeniem.