Po rozformowaniu 2 Brygady Radiotechnicznej batalion ponownie został podporządkowany 3 Brygadzie Radiotechnicznej we Wrocławiu, w strukturach której znajduje się do dziś.
W końcu lat 90. XX w część sił i środków jednostki została włączona do Narodowego Systemu Wspierania Operacji Powietrznych (ASOC), funkcjonującego w ramach NATO.
W marcu 2002 roku część sił i środków batalionu zabezpieczała międzynarodowe ćwiczenia pod kryptonimem „STRONG RESOLVE 2002”. W tym samym roku jednostce wręczono sztandar wojskowy. W obecności władz administracyjnych i samorządowych województwa warmińsko-mazurskiego, miasta i gminy Szczytno, duchowieństwa i licznie zgromadzonych na Placu Juranda mieszkańców Szczytna, aktu wręczenia Sztandaru dokonał Dowódca Wojsk Lotniczych i Obrony Powietrznej, gen. broni pil. dr Ryszard Olszewski. W dniu 16.07.2002 jednostka uzyskała prawa do posiadania odznaki pamiątkowej.