Pracował w biurze sędziego Sądu Najwyższego USA, Earla Warrena oraz w latach 1967-2000 nauczał na Uniwersytecie Kalifornijskim w Berkeley.
Pod koniec lat 70. XX wieku pod wpływem żony przeżył przebudzenie religijne i stał się nowo narodzonym (born-again) chrześcijaninem, co zainspirowało go do zainteresowania się kreacjonizmem. W 1991 roku rozpoczął polemikę z ewolucjonizmem, wydając Sąd nad Darwinem, w której to pozycji argumentował, że darwinizm stał się innego rodzaju fundamentalizmem religijnym, nie znoszącym rzeczowej krytyki.
W 1995 roku opublikował kolejną książkę Reason in the Balance: The Case Against Naturalism in Science, Law, and Education, w której analizował rolę, jaką naturalizm (filozofia) pełni w naszej kulturze.
Publikacje i tezy Johnsona nie znalazły szerokiego poparcia w środowiskach naukowych, wywołując sprzeciw wielu naukowców (zob. Daniel Dennett), przez co jego prace uważa się za propagowanie pseudonauki.
Strategia klina Johnson jest autorem tzw. „strategii klina”.