Z uwagi na konieczność zaopatrywania wojsk na przesuwającym się na zachód froncie, w dniach 18 stycznia – 8 lutego 1945 radzieccy saperzy w odległości 25 metrów od mostu kolejowego wznieśli jednotorowy most kolejowy na drewnianych podporach. Przy budowie nasypu kolejowego zatrudniono kilka tysięcy cywilów. Brali w niej udział również polscy żołnierze z 4 Łużyckiej Brygady Saperów. Most został oddany do użytku 8 lutego 1945. Pełnił swoją funkcję do marca 1946, tj. odbudowy mostu z 1908. Został zniesiony przez krę 20 marca 1947. Jego relikty, podobnie jak i pozostałości konstrukcji po kesonie wykorzystywanym w trakcie budowy pierwszego mostu (1873), są widoczne w okresach niskiego stanu wody w Wiśle.
Po wojnie odbudowano tylko most kolejowy (z 1908). W marcu 1946 przywrócono ruch pociągów na jednym torze, a w lipcu 1947 – na dwóch torach. Pierwszy pociąg, prowadzony przez wiceministra komunikacji, przejechał przez most 19 marca 1946. Był to pierwszy stały most na Wiśle w Warszawie odbudowany po zakończeniu II wojny światowej.