Po audiencji u papieża Piusa XII Sekretariat Stanu Stolicy Apostolskiej przedłużył mu jurysdykcje biskupa polowego, co pośrednio oznaczało uznanie ciągłości państwa polskiego i jego armii. Wyjechał do Francji. 18 października 1939 po przybyciu do Paryża formalnie podjął obowiązki biskupa polowego Wojsk Polskich (Polskich Sił Zbrojnych na uchodźstwie). Włączył się do organizacji Wojska Polskiego we Francji. Organizował dla żołnierzy niedzielne nabożeństwa przez radio. Zarządzeniem z 12 listopada 1939 Ministra Spraw Wojskowych rządu RP na uchodźstwie, gen. Władysława Sikorskiego, został zastępcą przewodniczącego zarządu Polskiego Czerwonego Krzyża w czasie wojny. Wydał Modlitewnik Żołnierza Polskiego. 21 grudnia 1939 dekretem prezydenta Raczkiewicza został mianowany członkiem I Rady Narodowej RP, następnie zastępcą członka Komisji Wojskowej, członkiem Komisji Prawno-Konstytucyjnej i przewodniczącym Komisji Spraw Zagranicznych. Działał w Radzie Narodowej. Udzielał pomocy polskim uchodźcom we Francji. Od stycznia 1940 był członkiem Rady Naczelnej Światowego Związku Polaków z Zagranicy. Od 18 września 1940 przebywał w Wielkiej Brytanii, po klęsce Francji. Od kwietnia do października 1942 przebywał w ZSRR, gdzie gen. Władysław Anders formował Polską Armię. Opuścił ZSRR ostatnim transportem odchodzącym do Iranu.