W 1948 roku Jerzy Kosko przeniósł się do Warszawy. Tutaj uczył się w Państwowej Szkole Muzycznej w klasie organów pod kierunkiem prof. Feliksa Rączkowskiego, a znajomość kontrapunktu i fugi zgłębiał pod kierunkiem profesorów Piotra Rytla i Aleksandra Jarzębskiego. Ponieważ w szkołach państwowych nie wykładało się przedmiotów związanych z chorałem gregoriańskim, uzupełniał tę wiedzę poza szkołą, u ks. Wojciecha Lewkowicza, najlepszego w tym czasie w Warszawie znawcy zagadnień związanych z chorałem.
W 1967 roku ks. Lewkowicz zaproponował mu pracę w Instytucie Szkolenia Organistów w Warszawie. Uczył tam historii muzyki kościelnej, instrumentoznawstwa, harmonii funkcyjnej, gry na fortepianie i na organach. Szczególne uznanie zyskał w dziedzinie harmonizacji chorału gregoriańskiego i pieśni pokrewnych chorałowi.
W latach 1964–1985, przez pięć kolejnych kadencji, pracował w Komisji Muzyki Sakralnej przy Kurii Metropolitalnej Warszawskiej jako sekretarz. To właśnie Jerzy Kosko był pomysłodawcą jedenastozgłoskowego refrenu do psalmów responsoryjnych zapisanych w zreformowanym po Soborze Watykańskim II lekcjonarzu.