Systematyzacja kōanów dokonana przez Hakuina była rewolucją w praktyce zen. W tym systemie, stworzonym przez Hakuina (być może przy współudziale jego następców) uczeń ma przypisywany przez mistrza kōan i medytuje nad nim. Kiedy student przebije się przez Wielkie Wątpliwości, jest testowany przez mistrza i dostaje następny kōan. Hakuin wybrał kōany do tej praktyki i stworzył wiele z nich. Najbardziej znany jest kōan „Jaki jest dźwięk jednej klaszczącej dłoni?” używany jako substytut tradycyjnego kōanu Wu stworzonego przez Zhaozhou. Hakuin odkrył, że jego wersja jest znacznie bardziej efektywna w wyzwalaniu wątpliwości u studentów.

Mimo braku formalnego wykształcenia w tym zakresie, i mimo że nie przywiązywał do swej twórczości wielkiej wagi, Hakuin był uznanym i wpływowym kaligrafem i malarzem, twórcą tzw. „obrazów zen” (zenga).

Linia przekazu Dharmy zen Pierwsza liczba oznacza liczbę pokoleń mistrzów od 1. Patriarchy indyjskiego Mahakaśjapy.

Druga liczba oznacza liczbę pokoleń od 28/1 Bodhidharmy, 28. Patriarchy Indii i 1. Patriarchy Chin.