W sezonie 1991/1992 Barcelona ponownie wygrała rozgrywki ligowe oraz po raz pierwszy w historii sięgnęła po Puchar Europy. 20 maja 1992 r., w rozegranym na stadionie Wembley finale przeciwko Sampdorii Guardiolę w 113. minucie zastąpił Alexanko.

thumb|Koszulka FC Barcelona Josepa Guardioli Grając jako rozgrywający, był filarem drużyny prowadzonej przez Johana Cruyffa, która w latach 1991–1994 czterokrotnie wygrała rozgrywki ligowe. 18 maja 1994 r., w ateńskim finale Ligi Mistrzów Guardiola grał przez całe spotkanie, a jego drużyna została pokonana przez A.C. Milan 4:0. W 1997 roku przejął opaskę kapitańską od José Maria Bakero. W finale Pucharu Zdobywców Pucharów 14 maja 1997 r. Barcelona pokonała Paris Saint-Germain F.C., a kataloński rozgrywający grał przez 90 minut. Oprócz europejskiego trofeum drużyna wygrała także Copa del Rey. W sezonie 1997/1998 Barcelona zdobyła dublet, ale Guardiola rozegrał tylko 6 meczów. Kontuzje trapiły zawodnika od meczu eliminacyjnego Ligi Mistrzów ze Skonto Ryga – niedoleczony uraz ciągnął się cały sezon i uniemożliwił zawodnikowi występ na Mundialu we Francji. Po zabiegu wykonanym w Finlandii w czerwcu 1998 r. zawodnik wrócił na boisko po 6 miesiącach.