Grał na Mistrzostwach Świata w 1994. Nie znalazł się w prowadzonej przez Javiera Clemente kadrze na Mistrzostwa Europy w 1996 roku, a kontuzja wykluczyła go z udziału w Mistrzostwach Świata w 1998. Ostatnim turniejem Guardioli z reprezentacją Hiszpanii były Mistrzostwa Europy w 2000 roku. Piłkarze z Półwyspu Iberyjskiego po wyjściu z grupy przegrali z późniejszym zwycięzcą, Francją.

Guardiola brany był pod uwagę przy ustalaniu kadry na Mistrzostwa Świata w Korei i Japonii, ale doznał kontuzji pod koniec kwietnia 2002 w meczu z Juventusem.

Katalonia Guardiola zawsze chętnie występował w reprezentacji Katalonii, która nie jest zrzeszona w FIFA i rozgrywa wyłącznie mecze nieoficjalne. Pomocnik zadebiutował 24 czerwca 1995 w meczu przeciwko FC Barcelonie, który odbył się w Tarragonie. Na przestrzeni 10 lat zagrał w 9 spotkaniach reprezentacji Katalonii, był także jej kapitanem. W wywiadzie dla Gazety Wyborczej w 1999 powiedział Tu się urodziłem, tu mieszkam, dla tych ludzi gram. Zostałem tak wychowany, że nie mogę nie pamiętać historii mojego kraju ani nie czuć tego, co inni ludzie stąd. Dla mnie jest to więc zaszczyt być w reprezentacji Katalonii, tyle że może ona grać wyłącznie mecze towarzyskie.