Charakterystyczna jest tutaj duża obfitość roślin z rodziny storczykowatych. Na terenie Pogórza Kaczawskiego stwierdzono takie gatunki jak: buławnik mieczolistny, buławnik czerwony, buławnik wielkokwiatowy, kukułka szerokolistna, kukułka bzowa, kukułka plamista, kukułka Fuchsa, podkolan biały, podkolan zielonawy, kruszczyk rdzawoczerwony, kruszczyk Muellera (jedno z trzech stanowisk w Polsce), żłobik koralowy i obuwik pospolity.
Ochrona przyrody Pogórze Kaczawskie charakteryzuje się wysokimi walorami przyrodniczymi. Świadczyć o tym może powołanie Parku Krajobrazowego Chełmy, obszarów chronionego krajobrazu Grodziec i Ostrzyca Proboszczowicka oraz licznych rezerwatów przyrody, m.in.: Wąwóz Lipa Wąwóz Myśliborski koło Jawora Wąwóz Siedmicki Wilcza Góra Nad Groblą Ostrzyca Proboszczowicka Mszana i Obłoga
Poza tym, w planach zagospodarowania przestrzennego gmin leżących na terenie pogórza jest powołanie kolejnych rezerwatów, m.in. Las Kondratowski, Wapiennik i Wysoka, Bukowa Góra k.