Różnica jest taka, że w modelu politycznym konflikty rozwiązywane są przy pomocy negocjacji, targów i koalicji, a w teorii agencji konflikt rozwiązuje się poprzez zestrojenie zachęt – mechanizm cenowy ekonomii.

Teoria agencji jest także podobna do teorii kosztów transakcji. Obie teorie dzielą założenia o egoizmie ograniczonej racjonalności. Mają także podobne zmienne zależne: hierarchia mniej więcej odpowiada kontraktom opartym na zachowaniu oraz rynki korespondują z kontraktami opartymi na wynikach. Jednak obie teorie wywodzą się z innych tradycji ekonomicznych. W teorii kosztów transakcji teoretyzuje się w granicach organizacji, podczas gdy w teorii agencji teoretyzuje się na temat kontraktu pomiędzy dwiema stronami nie zważając na granice. Jednak największą różnica jest w zmiennych niezależnych. W teorii kosztów transakcji są nimi: specyficzność wkładów kapitałowych i niewielkie negocjacje handlowe. W teorii agencji: stosunek do ryzyka pryncypała i agenta, niepewność wyniku, systemy informacyjne.

Teoria agencji dzieli wspólne założenia z innymi teoriami organizacji.