W listopadzie 1939 roku wraz z dziewięcioma innymi podoficerami SS został wezwany do Kancelarii Führera w Berlinie, gdzie Viktor Brack poinformował ich, że zostali przydzieleni do personelu akcji T4, czyli tajnego programu eksterminacji osób psychicznie chorych i niepełnosprawnych umysłowo. Chris Webb podaje, że Hackenholt służył kolejno we wszystkich sześciu „ośrodkach eutanazji” akcji T4. Pełnił tam funkcję kierowcy oraz „dezynfektora”/„palacza” – odpowiedzialnego za usuwanie zwłok z komór gazowych, a następnie ich kremację. Według niektórych źródeł miał także pracować jako szofer Viktora Bracka.
Jako jeden z pierwszych weteranów akcji T4 został przeniesiony do okupowanej Polski, aby wziąć udział w eksterminacji Żydów. Pod koniec grudnia 1941 roku został wysłany do Bełżca w dystrykcie lubelskim, gdzie w tym czasie był budowany pierwszy obóz zagłady w Generalnym Gubernatorstwie. W czasie „eksperymentalnej fazy” działalności obozu wraz z Siegfriedem Graetschusem przekształcił skonfiskowany samochód pocztowy w ruchomą komorę gazową. Pojazd ten przez pewien czas wykorzystywano do mordowania osób niepełnosprawnych i chorych psychicznie, które wyszukiwano w okolicznych wsiach, a prawdopodobnie także do zabijania polskich więźniów politycznych z więzienia w Zamościu.