W czasie ostrzału artyleryjskiego w 1677 został znacznie zniszczony. Odbudowa trwała 24 lata. Odbudowany jako budowla salowa, bez sklepień i filarów dzielących na nawy. W 1702 Hans Kamerling wykonał tzw. pseudosklepienie, czyli drewniany strop ukształtowany na wzór ceglanych sklepień. W 1703 szczeciński malarz Ernst Eichner ozdobił sklepienie olbrzymim malowidłem. W 1817 podczas remontu usunięto wszelkie elementy barokowe. W 1901 dokonano regotyzacji zachodniej fasady świątyni budując neogotycki szczyt ze sterczynami (zob.: [zdjęcie]).
W 1909 r. w sąsiedztwie kościoła, w miejscu starszego budynku parafialnego powstała nowa, zachowana do dziś kamienica, w której mieściła się parafia.
Od 1946 należy do wyznawców Kościoła Polskokatolickiego jako kościół parafialny. W 1960 dokonano gruntownego remontu świątyni. Do 1978 proboszczem był ks. Zdzisław Zaremba, a następnie (do dzisiaj) jest nim ks. inf. Stanisław Bosy.
W 2009 w podziemiach świątyni natrafiono na stare pochówki, najprawdopodobniej patrycjatu lub członków dynastii Gryfitów.