Zatrzymanie nastąpiło 4 grudnia tego samego roku.

8 sierpnia 1963 roku zachodnioniemiecka prokuratura wniosła akt oskarżenia przeciw ośmiu byłym członkom załogi Bełżca. Oberhauserowi – de facto głównemu oskarżonemu – postawiono zarzut pomocnictwa w zamordowaniu 450 tys. osób. W styczniu 1964 roku sąd krajowy w Monachium zdecydował o umorzeniu postępowania przeciwko siedmiu oskarżonym, uznając, że działali oni pod przymusem i nie mogli odmówić udziału w masowym mordzie. W ten sposób jedynym podsądnym pozostał Oberhauser. Jego proces rozpoczął się w styczniu 1965 roku. Początkowo obrona powołała się na zasadę ne bis in idem, wskazując, że Oberhauser został już skazany przez sąd w sowieckiej strefie okupacyjnej. Prokuratura zdołała jednak udowodnić, że zasada ta nie miała w tym wypadku zastosowania, gdyż wyrok nie dotyczył zbrodni popełnionych przez oskarżonego podczas służby w okupowanej Polsce. W tej sytuacji obrońcy podnieśli argument przymusu, który wcześniej z powodzeniem zastosowali inni oskarżeni. Strategia ta również okazała się nieskuteczna, gdyż liczne dowody wskazywały, iż Oberhauser należał do ścisłego kierownictwa obozu i cieszył się pełnym zaufaniem Wirtha.