Ostatecznie w 1808 władze Księstwa Warszawskiego ponowiły tę nominację, a papież zatwierdził ją w 1809, kiedy to Tymoteusz Gorzeński został uroczyście wprowadzony do katedry. W 1810 zakończył zaprojektowaną i rozpoczętą przez biskupa Ignacego Raczyńskiego generalną reorganizację kapituły poznańskiej, wprowadzając ustój, który w większości obowiązuje po dziś dzień. Kantor sandomierski do 1815J. Wiśniewski, Katalog prałatów i kanoników sandomierskich od 1186–1926 r. tudzież sesje kapituły sandomierskiej od 1581 do 1866 r., Radom 1926, s. 76.. W 1816 został odznaczony pruskim Orderem Orła Czerwonego I KlasyHandbuch über den Königlich Preußischen Hof und Staat für das Jahr 1821. Berlin: 1821, s. 32.
W 1821 papież Pius VII podniósł biskupstwo poznańskie do rangi metropolii i połączył je z metropolią gnieźnieńską unią personalną z siedzibą w Poznaniu. Przy aprobacie pruskich władz połączone trony objął Tymoteusz Gorzeński. W 1822 Fryderyk Wilhelm III zabronił mu używać tytułu prymasa Polski. Arcybiskup nie sprzeciwił się temu zakazowi, jednak go nie przestrzegał.