Kinney w roku 1998 wraz z Mike Inezem wystąpił na solowej płycie Cantrella – Boggy Depot. Muzyk jesienią powrócił wraz z zespołem do studia, by zarejestrować dwa nowe utwory, specjalnie na potrzeby albumu kompilacyjnego. Wówczas nagrane zostały kompozycje „Get Born Again” oraz „Died”. Była to ostatnia wspólna sesja zespołu. W tym samym roku, Kinney wraz z Cantrell wzięli udział w sesji nagraniowej albumu Garage Inc. grupy Metallica. Muzycy wystąpili między innymi obok Gary’ego Rossingtona oraz Jima Martina w coverze „Tuesday’s Gone” z repertuaru Lynyrd Skynyrd. Następnie muzyk wycofał się z życia publicznego, skupiając się na innych zajęciach i relacjach z przyjaciółmi „To były bardzo trudne czasy dla nas wszystkich, a ja nie wiedziałem jak bardzo chciałem mieć do czynienia publicznie z tym wszystkim” – przyznawał w jednym z późniejszych wywiadów.
thumb|left|Sean Kinney podczas koncertu w Seattle, 24 września 2009 W roku 2001 Kinney wraz z byłym gitarzystą Queensrÿche, Chrisem DeGarmo, utworzył supergrupę Spys4Darwin. Skład zespołu uzupełnili basista Mike Inez oraz wokalista Vinnie Dombroski. Grupa nagrała wspólnie minialbum Microfish wydany w maju 2001, po czym w 2002 zakończyła działalność.