W 885 roku Świętopełk pogodził się z Arnulfem, który stał się w 887 roku po Karolu III królem wschodniofrankijskim. Niebawem, w latach 888 i 889, na nowo rozgorzał konflikt o Panonię.
W 888 roku umarł Borzywoj I Przemyślida i Świętopełk przejął bezpośrednio władzę w Czechach. Została ona potwierdzona przez Arnulfa w 890 roku. Arnulf zerwał umowę pokojową ze Świętopełkiem i w 892 roku rozpoczął przeciw niemu wojnę, wspierany przez licznych sojuszników (między innymi Węgrów). Świętopełk i tym razem odparł wszystkie nieprzyjacielskie ataki (do 893 roku powtarzały się jeszcze dwukrotnie).
Koniec panowania Do momentu zakończenia panowania Świętopełk wypędził z kraju biskupa nitrzańskiego (i następcę św. Metodego) Wichinga, który po 885 roku pozwolił wygnać uczniów Metodego i zaczął zakazywać używania starosłowiańskiej liturgii. Świętopełk wprawdzie najpierw szukał zdrajców wśród łacińskich księży (kierowanych przez Wichinga) i tolerował ich walkę przeciwko słowiańskim księżom, ale wkrótce ustalił, że Wiching powtórnie sprzymierzył się przeciw niemu z królem Arnulfem.