W 1911, urażony skrytykowaniem przez arcyksięcia Ferdynanda projektu kościoła św. Ducha w Wiedniu, przeprowadził się do Pragi, gdzie został profesorem w Szkole Rzemiosła Artystycznego.
Praga thumb|Schody Byków na Hradczanach W 1920 prezydent Czechosłowacji Tomáš Masaryk mianował Plečnika głównym architektem Hradczan, z czym wiązał się obowiązek kierowania pracami budowlanymi na praskim wzgórzu.. W czasie pracy na tym stanowisku Plečnik zaprojektował między innymi: ogrody (Rajski, na Wałach, na Bastionie), dziedzińce (Pierwszy i Trzeci), Sień Kolumnową (zwaną też Sienią Plečnika), Schody Byków, a także był autorem adaptacji pomieszczeń zamkowych na rezydencję prezydenta republiki..
Lublana Od 1922 zaczął wykładać w katedrze architektury w Uniwersytecie w Lublanie, jednak do 1935 regularnie przyjeżdżał do Pragi. W 1929 opracował plan regulacyjny miasta (zniszczonego trzęsieniem ziemi w 1895), który został zrealizowany tylko częściowo.. Od lat 20. XX wieku do wybuchu II wojny światowej Plečnik zaprojektował i zrealizował większość obiektów budowanych w Lublanie.
Plečnik zmarł w swoim domu w Lublanie w 1957 r.