Działalność bibliofilska Przywiązywał ponadto dużą wagę do zbierania pamiątek narodowych z przeszłych wieków. Przechowywanie ich dla przyszłych pokoleń uważał za obowiązek każdego światłego człowieka. W tym celu wybudował we wschodnim skrzydle klasztoru mogilskiego archiwum. Wyróżniał w swej pasji kolekcjonerskiej szczególnie kodeksy. Nic więc dziwnego, że wiele czasu poświęcał na gromadzenie księgozbioru, wzbogacając go rzadkimi dziełami. Podczas 26 lat pełnienia funkcji opata w klasztorze mogilskim systematycznie powiększał zawartość biblioteki tak, że pod koniec lat osiemdziesiątych XVI wieku zdołał skompletować prawie wszystkie wartościowe książki, jakie do tego czasu zostały wydane.
Marcin Białobrzeski był prawdziwym bibliofilem. Liczne, zakupione przez siebie dzieła, opatrywał własnym ekslibrisem i superekslibrisem. Książki jego charakteryzowały się pięknymi oprawami ze skóry, na których wyciskano inicjały: M.B. Ponadto przyozdabiano je wspaniałymi brązowymi okuciami.