Nie sprzyjał Targowicy, lecz nie złożył dymisji, mimo pozbawienia go w 1794 r. funkcji generalskich i związanych z rangą poborów. Wybuch powstania kościuszkowskiego zastał go w Warszawie. W czerwcu 1794 r., tłumacząc się złym stanem zdrowia oraz wskazując groźbę utraty majątku (edykt króla pruskiego), znajdującego się pod panowaniem pruskim, rozpoczął starania o zezwolenie na wyjazd do Karlsbadu. W sierpniu 1794 r. opuścił Warszawę i zatrzymał się we Wrocławiu, by leczyć chorobę.
Od 1795 r. stale przebywał w Bydgoszczy, administrując stamtąd posiadanym wspólnie z bratem Józefem rodzinnym Bukowcem (posiadał także pałacyk w Bydgoszczy). 27 września 1804 r. uzyskał wraz z Józefem pruski tytuł hrabiowski z dodaniem przydomku „von Hutten” (zob. Czapscy). W 1807 r., w okresie Księstwa Warszawskiego, został mianowany wiceprezesem Izby Administracyjnej departamentu bydgoskiego, lecz wkrótce złożył tę godność. Zmarł 13 czerwca 1833 r. w Bydgoszczy.
Życie prywatne Mikołaj Czapski od 1796 r. był żonaty z kuzynką Marią z Czapskich. Miał z nią dwoje dzieci: Franciszka (1797–1862) i Antoninę (ok. 1802–1872), która wyszła za hrabiego Skórzewskiego.
Odznaczenia Order Świętego Stanisława nadany mu z rąk króla Stanisława Augusta Poniatowskiego (1792).