Początkowo Bomis planowała uczynić Wikipedię projektem komercyjnym. Środki firmy przeznaczono m.in. na utrzymanie serwerów Wikipedii. Wraz ze wzrostem popularności projektu rosły jednak także koszty jego utrzymania, podczas gdy przychody Bomis spadły w wyniku krachu internetowego. Pod koniec 2000 roku firma zatrudniała około 11 osób, lecz na początku 2002 roku zespół zredukowano do około pięciu pracowników. W 2002 roku z firmy odszedł Larry Sanger, będący w sporze z Jimmym Walesem o to, kto jest pomysłodawcą Wikipedii. W 2006 roku Sanger uruchomił projekt Citizendium, będący odgałęzieniem Wikipedii. Materiały opracowane w ramach Nupedii zostały następnie włączone do Wikipedii, a sam projekt zakończono w 2003 roku.
Wikimedia Foundation thumb|Rada dyrektorów Wikimedia Foundation, 2006 Wraz ze wzrostem popularności Wikipedii rosły także koszty jej utrzymania. W 2003 roku Jimmy Wales przeznaczył około 100 tysięcy dolarów z przychodów firmy Bomis na dalszy rozwój projektu. W czerwcu tego samego roku Wikipedia została przekazana nowo powstałej organizacji – Wikimedia Foundation.