Zadaniem tego kanału miało być też odwodnienie doliny Bródnowsko-Nieporęckiej oraz zlewni rzeki Długiej i Kanału Bródnowskiego.
Pierwsze prace ruszyły dopiero w 1919 r., ale szybko zostały przerwane. Kolejne prace podjęte w latach 1935–1938 zaowocowały budową wąskiego kanału na Żeraniu o długości ok. 2,5 km, który służył odprowadzaniu wody z Kanału Bródnowskiego.
Do pomysłu powrócono w 1950 r. i już w 1951 r. na początku współczesnego Kanału Żerańskiego wybudowano port oraz śluzę. Dwustronna śluza im. inż. Tadeusza TillingeraŚluza Żerań, [dostęp 2016-05-21]. pomiędzy portem Żerańskim a Wisłą ma komorę o wymiarach 85 × 12 m oraz długość 104 m. Prace nad budową Kanału poprzedziły badania prowadzone przez prof. Czesława Zakaszewskiego, który opracował raport pt. „Wpływ kanału żeglugi Żerań-Zegrze na stosunki wodne tarasu praskiego”, [dostęp 2015-12-21]..
W nocy z 29 na 30 maja 2008 r. pomiędzy 3 a 6 nad ranem został podniesiony most kolejowy na modernizowanej do większych prędkości pociągów linii kolejowej nr 9 nad Kanałem Żerańskim o masie 150 ton i przeniesiony przez największy w Polsce dźwig gąsienicowy.