Pod koniec września połączył się z dywizją gen. Jana Henryka Dąbrowskiego. Uhonorowany przesłaną mu przez Kościuszkę obrączką z napisem Ojczyzna Obrońcy swemu (numer 30). Wziął udział w zdobyciu Bydgoszczy. W czasie obrony Pragi osłaniał most na Wiśle. W Radoszycach wziął dymisję z wojska i udał się do Francji z listem polecającym do władz francuskich. Mianowany szefem III batalionu 2 Legii, stacjonującym w Mediolanie.
Był jednym z członków Towarzystwa Handlu Czarnomorskiego, założonego przez jakobinów polskich. Osiągnął IV stopień wtajemniczenia masońskiego. Należał do loży Zum Goldenem Leuchter, a w 1805 został współzałożycielem loży Świątynia Mądrości.
18 listopada 1806 cesarz Napoleon I Bonaparte potwierdził nominację Niemojewskiego na generała brygady. Mianowany komendantem wojskowym departamentu poznańskiego, z misją przeprowadzenia rekrutacji do Wojska Polskiego. Na czele brygady składającej się z 1. i 2 Pułków Piechoty wziął udział w szturmie Tczewa, za co został odznaczony Krzyżem Kawalerskim Orderu Virtuti Militari.
Na czele 1 Pułku Kawalerii Narodowej, Strzelców Poznańskich i Kawalerii Płockiej służył w korpusie obserwacyjnym gen. Józefa Zajączka.
W czasie wojny polsko-austriackiej w 1809 został komendantem wojskowym departamentu łomżyńskiego.