Większe lub mniejsze ślinienie się i wydzielanie soków żołądkowych już na widok różnego rodzaju pokarmu jest przykładem naturalnego warunkowania klasycznego.
Reakcje związane z warunkowaniem instrumentalnym pozwalają zwierzęciu dostosować się do warunków panujących w otoczeniu, a reakcje klasyczne pozwalają dostosować jego wnętrze głównie za pośrednictwem autonomicznego układu nerwowego. W naturalnym środowisku bodźców jest bardzo dużo i trudno stwierdzić, jaką naturę ma takie czy inne zachowanie, natomiast w laboratorium jest to możliwe.
Między oboma warunkowaniami istnieje jeszcze jedna różnica, dobrze widoczna w czasie eksperymentów, mianowicie bodziec warunkowy klasyczny jest bezpośrednim sygnałem bodźca bezwarunkowego i jego wystąpienie wywołuje takie objawy jak sam bodziec bezwarunkowy. W przypadku warunkowania instrumentalnego bodziec warunkowy nie ma tej właściwości, jest zwykle sygnałem, że teraz można wykonać określony ruch, aby móc w dalszej kolejności uzyskać wzmocnienie. W tym ujęciu, bardzo odpowiednim dla odruchów instrumentalnych jest określenie odruchy przygotowawcze stosowane przez Konorskiego.