Transatlantyk opuścił polskie wody terytorialne 25 sierpnia 2006 i holowany przez holownik Bazalt udał się do Wilhelmshaven, gdzie dotarł 2 września.
Kontrowersje Rotterdamowi od początku jego pobytu w Gdańsku towarzyszyło bardzo duże zainteresowanie mediów, które wywierały presję na ośrodki decyzyjne w celu wydalenia zabytkowej jednostki. Najczęściej w informacjach prasowych pomijano fakt umorzenia przez Prokuraturę postępowania wyjaśniającego dotyczącego wwiezienia azbestu w chłodniach statku bez zgłoszenia tego odpowiednim służbom. Zgodnie z wyjaśnieniami armatora takie zgłoszenie miało miejsce i z tego powodu Prokuratura nie dopatrzyła się znamion przestępstwa.
W całym procesie przygotowania do realizacji projektu w Gdańsku powstały między innymi projekt tymczasowej stoczni w okolicach Pirsu Rudowego gdzie zacumowany był SS ROTTERDAM, projekt technologiczny procesu usunięcie azbestu, analiza możliwości składowania śmieci azbestowych w mogilnikach polskich i za granicą. Wykonane zostało też rozpoznanie Stoczni Gdańskiej i Gdyńskiej dotyczące możliwości przyjęcia jednostki o niemałych gabarytach.