Józef II, planując budowę kościoła państwowego, odnowił zasadę, że papież nie może mianować biskupów w krajach austriackich bez zgody władcy, ponadto ograniczył komunikowanie się hierarchii kościelnej ze Stolicą Apostolską oraz zabronił wywożenia pieniędzy, zbieranych na rzecz papiestwa. Rozporządzenia dotyczące kultu religijnego dotykały nabożeństw, zredukowały liczbę procesji, ustalały nawet liczbę świec palących się przy ołtarzu. Wydane też zostało zarządzenie zabraniające ze względów ekonomicznych używania trumien, jednak bardzo szybko musiało być wycofane.
Cesarz uważał, że państwo powinno mieć kontrolę nad wychowaniem księży, w związku z czym tworzono państwowe seminaria dla duchownych katolickich. Kler niższy, a więc proboszczowie, mieli stać się funkcjonariuszami państwowymi, którzy oprócz dbałości o moralność parafian i ich dobre nastawienie do państwa mieli wpajać im kult cesarza i wierność wobec władzy.
Zlikwidowane zostały klasztory kontemplacyjne, które nie trudniły się ani szpitalnictwem, ani szkolnictwem. Z działających 2163 klasztorów do 1786 zlikwidowanych zostało 738.