W dniu pogrzebu tablica z nazwą miejscowości Zielnowo została przepasana kirem.

Po jego śmierci pojawiły się teorie spiskowe negujące ustalenia śledztwa. Według nich polityk miał zostać zamordowany albo ktoś miał zmusić go do popełnienia samobójstwa. Prezentował je m.in. dziennikarz Wojciech Sumliński, powołując się na funkcjonariusza Agencji Bezpieczeństwa Wewnętrznego Tomasza Budzyńskiego i wskazując, że motywem miały być kompromitujące polityków informacje, w których posiadanie miał wejść Andrzej Lepper. Wersję o samobójstwie wykluczał Janusz Maksymiuk, współpracownik polityczny Andrzeja Leppera, wskazując na planowanie przez lidera Samoobrony nowej kampanii wyborczej. Według Tomasza Sakiewicza, redaktora naczelnego „Gazety Polskiej”, Andrzej Lepper obawiał się o swoje życie w związku z zamiarem ujawnienia nowych informacji dotyczących przecieku o akcji służb w sprawie afery gruntowej oraz chciał kilka miesięcy przed śmiercią spotkać się w tej sprawie z Jarosławem Kaczyńskim. Niektórzy dziennikarze zajmujący się sprawą śmierci Andrzeja Leppera zwracali uwagę, że została ona poprzedzona w krótkim czasie zgonami trójki jego współpracowników: prawników Róży Żarskiej i Ryszarda Kucińskiego oraz byłego doradcy Wiesława Podgórskiego.